黄飞鸿(郑恺 饰)是岭南武术界的一代宗师，也是一位济世为怀，救死扶伤的名医，他的一生充满了传奇。早年他在台湾浴血奋战，与刘永福(汤镇业 饰)领导的黑旗军和台湾当地的赛德克族勇士共同抗击侵略的日军，成为了保家卫国的盖世英雄。回到广州，开设"宝芝林"，却走上一条行医不授武的修心之路。然而，永无止息的江湖争斗还是将他逼到了不得不出手的生死绝境，却也让他登顶武者之王。他被冠上了侠者光环，受人敬仰；可是刺杀贪官的黑暗英雄"铁马骝"竟在此时重现江湖。代表光明和黑暗的两位英雄之间必有一战。然而，在这场英雄理念之争的背后竟还隐藏着一连串的惊天阴谋，这三场旷世之战，终于使黄飞鸿成为了战无不胜的国士无双······
