1957年3月9日，申军谊生于广西军队干部家庭，1962年，因为父亲的调职，全军迁到了北京，1975年毕业于北京西城花园村中学，进入中国人民解放军，做一名体育兵，从部队退役后，进入北京地铁当了一名信号工。1984年申军谊机缘巧合下被广西电影制片厂相中，参演电影《通缉令》，自此正式进入影视圈。

申军谊第一任妻子是北京电影学院的学员，父亲是高级工程师，两人在1986年结婚，育有一女，之后因为性格不合离婚，女儿申奥由女方抚养。

1992年，申军谊和小自己12岁的名演员贾妮一起生活，两人在一起了8年，在2000年的时候低调分手，半年后贾妮嫁给了申军谊的好朋友，现在的申军谊一直没有再婚。