2001年前后，王祖贤接受台湾中天卫视《真情指数》栏目，蔡康永专访，详述了她少年时代并不顺遂的求学生涯、以及无意间踏入光影世界的经历。

1985年2月《再见七日情》上映，王祖贤在香港的演艺生涯正式开始。

1989年1月，王祖贤为台影演出的新片《飞越阴阳界》尚未推出，即被韩国有邻电影交易公司出价十五万美元商购韩国版权 。1月底，日本东京国际影展大会亦来函，邀请《飞越阴阳界》参加该影展灵异片类展映。8月26日，当时位列该国三大报纸之一的韩国《东亚日报》，根据各项数据统计出5位在韩国最受欢迎的外国明星，其中中国明星占两位，分别是王祖贤和周润发。同年王祖贤主演经典喜剧片《大丈夫日记》，与周润发等合作。

1990年7月，王袓贤在港台接戏是最忙碌的时候。《倩女幽魂》第一部大获成功后，《倩女幽魂Ⅱ：人间道》与《倩女幽魂Ⅲ：道道道》分别于90、91年推出，且各有创新，票房也延续了前作的成功。

1990年5月21日，在台湾阳格公司安排下，王祖贤首次踏上大陆河山拍摄广告。

1991年6月23日，王祖贤在香港小姐决赛中担任表演嘉宾，与张学友、刘德华合演歌舞剧《红粉双雄》，与张学友合唱《每天爱你多一些》，与刘德华合唱《爱不完》，并且独唱了叶倩文的《200度》和陈淑桦的《梦醒时分》。1991年12月7日，王祖贤出席了在台北举行的第36届亚太影展，与张国荣一起颁发最佳女主角奖。

1992年冬，作为胡金铨《画皮之阴阳法王》的女主角，祖贤随剧组辗转大陆北方数地，雪中的五台山留下了她礼佛、骑马的身影。新世纪伊始，王祖贤电影生涯的最后两部重要作品《游园惊梦》与《美丽上海》也分别在内地的苏州与上海拍摄完成。

1990年3月，王祖贤应日本富士电视台邀请赴东京拍摄电视电影《香港来的女人》。

1990年11月，日本电影杂志《马路秀》举行票选活动，王祖贤跃升为最受日本观众欢迎外国女星第一名，且之后连续几年入榜。日本影院在非热门档期推出以她为宣传点的《千年女妖》和《灵狐》等片，亦有不俗票房。

1993年3月11日，王祖贤第一张日本单曲《给我一个昨日的拥抱》发行。

1993年这一年里，王祖贤分别拍摄《青蛇》、《东方不败风云再起》等七部徐克监制的大制作影片。

1993年11月，《青蛇》上映，当年在香港票房普通。2008年11月，该片导演徐克做客中央电视台《艺术人生》节目，其中有个“观众票选最喜爱的徐克作品”环节，结果《青蛇》票选首位。同年，作为笑傲江湖系列电影第三部，《东方不败风云再起》延续了前作的故事，王祖贤在片中饰演东方不败的侍妾雪千寻。影片中王祖贤有大量反串男装。1993年《马路秀》杂志票选最受日本观众欢迎十大外国女明星第六位；2003年韩国网民票选最想念中国明星第一位，且前后三次当选。截至1992年底，王祖贤为港府纳税已经超过1000万港币。 

复出之作

2001年，杨凡导演邀请王祖贤主演了电影《游园惊梦》，这是部30年代江南文化背景的电影与著名昆剧《牡丹亭》深深融合。该片在2001年被美国《时代》杂志评为十大电影之一。剧中王祖贤有双重反串的戏份——女扮男装饰演的《牡丹亭》中的多情公子柳梦梅，和现实中有几分男儿气概的民国女教师荣兰，与日本女星宫泽理惠合作。

2001年4月，睽违港台影坛7年的王祖贤首次公开亮相金像奖暨香港国际电影节。

2001年4月29日的闭幕式大会上，她与吴彦祖一起颁发了最佳美术指导奖。  

2001年10月23日，杨凡导演携王祖贤、宫泽理惠以及吴彦祖等一众主演联袂出席《游园惊梦》台湾首映晚会；10月25日王祖贤飞赴日本东京出任东京国际电影节评委。同时《游园惊梦》作为特别观摩片在东京国际电影节期间上映，王祖贤出席了该片记者会及放映会。

2003年3月21日，齐秦在北京首都体育馆举办春分演唱会，尾声时大屏幕上放出了王祖贤在加拿大拍摄的问候视频。2003年，制片人、汤臣老板徐枫女士邀请王祖贤主演内地班底影片《美丽上海》，这是王祖贤电影生涯的告别之作，她在其中饰演一位在美国工作的上海大家庭的女儿，职业是电子工程师。