2006年，吴亚馨出演了个人的首部影视作品，她与明道、张芯瑜、杨雅筑共同出演了浪漫爱情偶像剧《星苹果乐园》。

2008年，吴亚馨开始担任旅游时尚节目《来去日本》的主持人。

2009年，吴亚馨与郭品超、明道、李小璐合作主演了都市爱情剧《敲敲爱上你》。

2010年，吴亚馨先是与陆毅、韩智慧、刘牧联袂主演了爱情悬疑剧《天堂秀》。

2011年，吴亚馨在与朱孝天、陈妍希、吴中天合作主演的都市言情剧剧《记得，我们有约》中饰演了外表美丽娴淑内心却冷酷强悍的夏宝儿。

2012年，吴亚馨与林心如、汪东城、林更新联袂主演的现代都市剧《姐姐立正向前走》中饰演了沈沛妮。

2013年，吴亚馨复出并与廖柏翔、黄健玮共同出演了电视短剧《闭锁链》。

2014年，吴亚馨与邱品程、陈尚泽、范峻铭等艺人合作主演了热血校园剧《一代新兵之八极少年》，剧中吴亚馨饰演了年轻优秀的热血助教苏丝琪。

2015年，吴亚馨主演了台湾艺术大学电影学系100级毕业短片《珊迪不迟到》，并在片中饰演了外表亮眼且身材姣好却脾气暴躁高人气歌手程颖佟。